As atividades do CIAP São Patrício tiveram início a partir de estudos realizados nas comunidades e em seu entorno, que revelaram a existência de um grande número de jovens enfrentando dificuldades para ingressar no mercado de trabalho. Naquele período, vivia-se a transição da datilografia para a informática, e muitos desses jovens, por não terem acesso à formação adequada, sequer tinham a oportunidade de participar de processos seletivos, sendo eliminados já na análise curricular.
Diante dessa realidade, surgiu a necessidade de buscar alternativas que possibilitassem a superação dessas barreiras e promovessem a inclusão social dessa parcela da comunidade. Foi então que um grupo de lideranças das onze Comunidades Eclesiais de Base que compunham a Área Pastoral Planalto, juntamente com o Pe. Hugo, uniu esforços para criar uma sala equipada com computadores doados e contar com o apoio de voluntários para ministrar cursos de informática.
Com o aumento significativo da demanda, tornou-se necessário ampliar o espaço físico. Por meio de doações financeiras provenientes da Irlanda, enviadas por padres espiritanos, foram construídas três salas na Comunidade Pedro Pescador, possibilitando a expansão das atividades e o atendimento a um número maior de pessoas.
Em 2009, teve início a primeira parceria entre o CIAP São Patrício e a Prefeitura de São Paulo, marcando um importante passo na consolidação institucional e na ampliação do impacto social da organização.
Atualmente, o CIAP São Patrício conta com 28 serviços e 1 projeto distribuídos pela cidade de São Paulo, atendendo crianças, adolescentes, jovens, mulheres, famílias e idosos.
Ao longo de sua trajetória, a instituição acumulou ampla experiência na área social, atuando tanto na proteção social básica quanto na proteção social especial. Essa vivência fortaleceu sua identidade institucional e sua capacidade de contribuir para a construção de uma sociedade fundamentada nos valores democráticos — liberdade, igualdade, diversidade, participação e solidariedade —, além de reforçar seu compromisso com a formulação e o fortalecimento de políticas públicas que promovam mudanças estruturais e a efetivação da justiça social.
